Europees kampioen met rottend vlees

Een bacterie die waarschuwt wanneer andere bacteriën je gehakt laten rotten. Daarmee wisten studenten van de RUG de Europese voorronde van de iGEM competitie te winnen.

iGEM is een knutselwedstrijd met DNA als bouwsteen. Doel is een bacterie genetisch zo aan te passen dat deze een bijzonder kunstje kan (een sudoku oplossen bijvoorbeeld) of de oplossing biedt voor een probleem. Dat knutselen gebeurt met Biobricks, zeg maar Legosteentjes van DNA.

Renske van Raaphorst, Yonathan Dessalegne en Tom van Lente zitten er op dinsdagochtend nog steeds een beetje beduusd bij, op de negende verdieping van de Linnaeusborg, twee dagen nadat ze in Amsterdam een stuk of vijftig concurrerende teams hadden verslagen. ‘We liepen zondagochtend om een uur of negen de hal binnen, toen daar de top-3 werd geprojecteerd. En daar stonden wij dus in! De dag kon toen al niet meer stuk’, vertelt Tom.

Afgelopen weekend moesten ze het werk presenteren dat ze vanaf maart dit jaar hebben verricht. Een project bedenken, onderzoek doen, een bacterie maken en heel veel koffie drinken. ‘We zijn letterlijk tot vijf minuten voor de deadline bezig geweest’, zegt Renske. Die lag op 6 uur ’s morgens, 27 september.

Het begon ergens in april met brainstormen. Het nieuwe team – de RUG doet sinds 2008 mee aan de iGEM competitie, dat jaar waren ze samen met een team van de TU Delft de eerste Nederlandse bacterie-knutselaars – bedacht een plan, deed literatuuronderzoek en stond vervolgens een maand of wat in het lab.

Eerst keken ze welke genen actief werden door de aanwezigheid van rottend vlees. Zij vonden een goede kandidaat en haalden de ‘schakelaar’ die dit gen aan zet uit de bacterie. ‘Daar maakten we een bouwsteentje van, een Biobrick’, legt Renske uit. De schakelaar kwam op een klein rondje DNA te liggen, een plasmide. Die is eenvoudig in een bacterie te smokkelen en is ook te bewerken. Achter de schakelaar kwam een gen te liggen dat zorgt voor de aanmaak van een kleurstof. Het resultaat: rottend vlees activeert de schakelaar waarna kleurstof ontstaat.

Om de bacterie bij het vlees te krijgen – maar niet erin, dat zou minder prettig zijn – gebruikte het team zakjes van folie. Daarin zaten, in afzonderlijke compartimenten, bacterie-sporen (zeg maar slapende bacteriën) en een soepje waarin ze lekker groeien. Door in het zakje te knijpen breekt het compartiment met de soep en gaan de bacteriën groeien. De sensor is dan actief. ‘We hebben studenten biomedical engineering in ons team. Die weten gelukkig alles van folie en dat soort dingen’, vertellen de drie biologen.

De theorie klopte. Maar om in de praktijk aan te tonen dat het werkt bleek lastig. Pas een week voor de deadline zagen ze eindelijk kleur in een foliezakje dat boven rottend vlees hing. En niets in een zakje boven vers gehakt. ‘Dat was wel een moment van yeah!’, zegt Renske. ‘Maar we moesten meteen door. Alle informatie uitwerken en invoeren op onze speciale iGEM Wiki-pagina.’

Tijdens het finaleweekend presenteerde het team de uitkomsten eerst op een poster en met een praatje, net als de 50 tot 60 concurrenten. Dat praatje moest nog eens over in de finale op zondag, waarin ook teams van de universiteit van Cambridge en een Sloveens team zaten. ‘Iedereen zegt: wauw, Cambridge, maar die Slovenen zijn beter, die halen al jaren prijzen’, weet Yonatan.

Uiteindelijk ging Groningen met de hoofdprijs naar huis. Waarom? Ze hadden een werkend product ‘en dat is niet standaard’, en ze hadden zich duidelijk aan de tijdslimiet van een maand of vier, vijf gehouden. ‘Die Slovenen hadden zoveel gedaan, die waren minstens een jaar bezig’, zegt Yonatan. ‘Ik heb horen fluisteren dat dat is mee gewogen.’

Nu gaan ze de puntjes op de i zetten voor de finale, vanaf 2 november in Boston. ‘Onze kans? Ik hoop bij de beste 50 of 30 procent’, zegt Yonatan. ‘Er doen veel goede teams mee. Maar ook vele teams die we nu al verslagen hebben!’.

Weetje!?

Sinds 2008 doet er een Gronings team mee aan de iGEM competitie. Vorig jaar was er voor het eerst een Europese voorronde. De RUG haalde toen als enige Nederland team de finale. Dit jaar zijn ook teams uit Delft en Wageningen van de partij. Amsterdam en Eindhoven vielen af.

De iGEM wedstrijd wordt sinds 2003 georganiseerd door het Amerikaanse MIT, maar pas sinds 2006 zijn er ook winnaars.

Meer informatie over het Groningse iGEM team en de iGEM competitie.