Exploring the molecular functions of major murein and pseudomurein cell wall-binding domains

Promotie: dhr. G.R.R. Visweswaran, 14.30 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Proefschrift: Exploring the molecular functions of major murein and pseudomurein cell wall-binding domains

Promotor(s): prof.dr. J. Kok, prof.dr. B.W. Dijkstra

Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen

Koppeling van het pseudomureïnebindend domein aan het LysM domein

Het doel van het onderzoek van Ganesh Visweswaran was om inzicht te krijgen in de interactie van eiwitten met het bacteriële celwandmateriaal mureïne, ook wel peptidoglycan genoemd, en pseudomureïne. Deze mureïne/pseudomureïne-bindende eiwitten bevatten speciale domeinen die verantwoordelijk zijn voor de interactie met mureïne en pseudomureïne. Visweswaran heeft de rol van deze domeinen gekarakteriseerd. Als model heeft hij het peptidoglycanbindend domein LysM van Lactococcus lactis en het pseudomureïne bindend domein (PMB) van Methanobacterium thermautotrophicus genomen.

In het afgelopen decennium is de aandacht voor celwandbindende domeinen, zoals het LysM domein, enorm toegenomen. Er zijn inmiddels verscheidene driedimensionale eiwitstructuren van het LysM domein en van eiwitten die een LysM domein bevatten gepubliceerd. Een structuur van het LysM domein met een gebonden ligand is nog niet voorhanden. . Momenteel wordt het LysM domein gebruikt bij de ontwikkeling van humane vaccins, zoals in de voorbereiding van het griepvirusvaccin (www.mucosis.com).

Verschillende andere potentiële in vivo en in vitro toepassingen van het LysM domain zijn nog onbenut. Bij aanvang van het onderzoek van Visweswaran was er nog erg weinig kennis over PMB domeinen. Zijn resultaten voorzien in nieuwe invalshoeken en uitdagingen voor de ontwikkeling van mogelijke toepassingen, aangezien het laat zien dat het PMB domein kan binden aan de pseudomureïne: in de celwanden van industrieel relevante methanogenen. Ook beschrijft hij de constructie en bindende eigenschappen van een chimeer eiwit met twee verschillende celwanddomeinen. assingen van het LysM domain zijn nog onbenut. Bij aanvang van het werk van ViDe koppeling van het PMB domein aan het LysM domein verhoogt de toepasbaarheid van beide domeinen.

Ganesh Visweswaran (India, 1982) studeerde biotechnology aan de Andhra universiteit. Zijn promotieonderzoek aan de RUG voerde hij uit bij de afdeling Molecular Genetics & Bio-physical Chemistry van het Groningen Biomolecular and Biotechnology institute (GBB). Inmiddels werkt hij als postdoc bij het UMCG.