Development of multiscale simulation methods
Promotie: dhr. A.J. Rzepiela, 13.15 uur, Aula Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen
Proefschrift: Development of multiscale simulation methods
Promotor(s): prof.dr. S.J. Marrink
Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen
Moleculaire dynamica met multiscale-technieken combineert nauwkeurigheid en efficiëntie
In zijn proefschrift ontwikkelt, test en beschrijftAndrzej Rzepiela toepassingen van drie nieuwe multiscale-algoritmen voor biomoleculaire simulaties.
Multiscale-technieken overbruggen dat wat normaal gesproken niet te verenigen valt: nauwkeurigheid en efficiëntie. Men kan er gemakkelijk complexe systemen mee bestuderen zonder dat men op de kwaliteit van het onderzoek hoeft in te leveren. De grote complexiteit van dergelijke systemen vraagt echter wel om specifieke methoden, gericht op het probleem in het bijzonder.
De focus ligt op methoden waarin het MARTINI ‘coarse-grained’ krachtenveld gebruikt kan worden. De zogenaamde ‘back mapping’ methode reconstrueert atomistische details vanuit de bijbehorende coarse-grained structuur. In het ‘hybrid multiscale’ simulatieprotocol wordt slechts een gedeelte van het systeem met een lage resolutie gemodelleerd en de cruciale details worden expliciet in het model opgenomen. In de 'constante lambda' methode heeft de potentiële energie een gemengd coarse-grained-atomistische vorm. Het niveau van coarse-graining wordt ingesteld met de lambda-parameter.
Alle drie de methoden worden zorgvuldig gekarakteriseerd in dit proefschrift. Geselecteerde toepassingen op biomoleculaire systemen worden beschreven. De programma's met de beschreven algoritmes kunnen worden gedownload van de 'cgmartini.nl' webpagina.
Andrzej Rzepiela (Polen, 1982) studeerde biofysica in Freiburg. Het onderzoek werd uitgevoerd bij de afdeling Biophysical Chemistry van de RUG. Rzepiela gaat door als onderzoeker bij Physics Institute van de universiteit van Freiburg.
Laatst gewijzigd: | 13 maart 2020 01:10 |
Meer nieuws
-
17 juli 2024
Veni-beurzen voor tien Groningse onderzoekers
Aan tien onderzoekers van de Rijksuniversiteit Groningen en het UMCG is een Veni-beurs van maximaal 320.000 euror toegekend. De Veni-beurzen worden jaarlijks toegekend door de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk onderzoek (NWO) en zijn...
-
15 juli 2024
Financiering voor RUG onderzoekers uit Nationaal Groeifondsprogramma Circular Plastics NL
Voor onderzoek naar het circulair maken van plastics ontvangen Professors Patrizio Raffa en Katja Loos samen ongeveer 1,2 miljoen euro vanuit het Nationaal Groeifondsprogramma Circular Plastics NL.
-
09 juli 2024
NWO Open Technology financiering voor verbeteren kwaliteit 3D printtechnologie
Dr. Liangliang Cheng ontvangt een NWO OPT subsidie van EUR 950.000 voor onderzoek naar een veiligere toepassing van metalen in 3D printtechnologie