The effect of environment on peptide and protein folding: a molecular dynamics study
Promotie: Y. Xue, 16.15 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen
Proefschrift: The effect of environment on peptide and protein folding: a molecular dynamics study
Promotor(s): prof.dr. A. Mark
Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen
Moleculaire dynamica van eiwitvouwing
Het onderzoek van Ying Xue richt zich op het begrijpen van omgevingsinvloeden op de vouwing van peptiden en eiwitten. Door middel van moleculaire dynamica (MD)-simulaties in 'expliciet water' (een bepaald MD-model van het watermolecuul) is in detail geanalyseerd welke omstandigheden eiwitvouwing bevorderen danwel hinderen.
In eerste instantie is onderzocht in hoeverre het krachtenveld in staat is de vouwingsdynamica van een aantal korte peptiden in water te reproduceren. Uit deze simulaties bleek dat de conformationele eigenschappen goed gereproduceerd worden maar dat de vouwingstijden in de simulaties aanzienlijk korter zijn dan de waarden die uit experimentele waarnemingen geschat worden. Als onderdeel van dit deel van het onderzoek werd een nieuwe set torsiepotentialen ontwikkeld die een betere overeenkomst tussen simulatie en gegevens uit röntgenverstrooiingsexperimenten opleveren.
In het tweede deel van het onderzoek werd gepoogd het effect van de chaperonne GroEL op de vouwing van peptiden en eiwitten na te bootsen door de polariteit van oplosmiddel en verdere omgeving te veranderen. In de cel faciliteren chaperonnes zoals GroEL de vouwing van eiwitten en peptides op een energieafhankelijke manier.De simulaties lieten zien dat het mogelijk was de vouwingssnelheid van korte peptiden alsmede een klein eiwit vanuit thermisch ontvouwen toestanden te vergroten. Tenslotte is de invloed van grenslagen op het vouwen van peptiden onderzocht door te kijken naar het effect van polyethyleenglycol (PEG) spacers op de conformationele eigenschappen van korte peptiden en op de grenslaagstructuur van zelfassemblerende schakelbare peptidesurfactanten.
Ying Xue (China, 1977) studeerde Fluid Mechanics aan de Beijng University of Technology. Het onderzoek werd uitgevoerd de afdeling Biophysical Chemistry van de RUG in samenwerking met de University of Queensland (Australië) en gefinancierd door NWO.
Laatst gewijzigd: | 13 februari 2017 11:37 |
Meer nieuws
-
23 september 2024
Haal de ecoloog uit de ivoren toren
Dat we in Nederland op het gebied van natuurbeheer en biodiversiteit voor grote uitdagingen staan is duidelijk. Volgens ecoloog Chris Smit is het daarom tijd dat de wetenschapper uit de ivoren toren komt en in plaats van de problematiek aan te...
-
20 september 2024
European Green Deal heeft goed en slecht effect
De Europese Green Deal zorg ervoor dat de uitstoot van broeikasgassen in Europa daalt, maar veroorzaakt tegelijkertijd een twee maal hogere uitstoot buiten de EU.
-
05 september 2024
ERC Starting Grants voor twee RUG-onderzoekers
Twee onderzoekers van de Rijksuniversiteit Groningen (RUG), beide van de Faculty of Science and Engineering, ontvangen een European Research Council (ERC) Starting Grant: Jingxiu Xie en Gosia Wlodarczyk-Biegun. De Starting Grants bestaan uit elk...