RUG-onderzoeker schrijft beste bioinformatica-proefschrift

Marnix Medema heeft de Young Investigator Award 2014 van het Netherlands Bioinformatics Center gewonnen. Op 8 april krijgt hij deze prijs voor het beste bioinformatica-proefschrift tijdens een congres in Lunteren. Hij is de derde Groningse wetenschapper die deze prijs de afgelopen vijf jaar heeft ontvangen.

Medema promoveerde afgelopen jaar aan de Faculty of Science and Engineering (voorheen de faculteit Wiskunde en Natuurwetenschappen) de RUG. ‘Ik heb methoden ontwikkeld om in de erfelijke informatie van bacteriën genen te vinden die verantwoordelijk zijn voor het maken van stofjes die belangrijke toepassingen hebben als bijvoorbeeld antibiotica’, vertelt hij. Van steeds meer organismen is het complete DNA in kaart gebracht. Maar de hoeveelheid informatie die dit oplevert is zo groot dat er slimme computertechnieken nodig zijn om alles te doorzoeken.

‘Dit soort stofjes vind je niet gemakkelijk door simpelweg te kijken wat een bacterie of schimmel allemaal maakt aan verbindingen’, legt Medema uit. Want veel stoffen maakt een bacterie alleen onder speciale omstandigheden, bijvoorbeeld als hij aangevallen wordt door een ander micro-organisme.

Daarom ontwikkelde Medema een computerprogramma dat in het DNA van bacteriën en schimmels kan zoeken naar clusters genen die mogelijk interessant zijn. ‘Er is vaak een hele groep genen nodig om een antibioticum te maken, en die liggen vaak op een karakteristieke manier gegroepeerd op het DNA.’

Het werk van Medema heeft al interessante nieuwe stofjes aan het licht gebracht. ‘Collega’s van mij hebben met de technieken die ik ontwikkelde genen gevonden die zorgen voor de aanmaak van compleet nieuwe stofjes. Ze zijn bezig uit te zoeken wat die precies doen.’

Zelf werkt Medema nu in Bremen, bij de Microbial Genomics & Bioinformatics Research Group van het Max Planck Institute for Marine Microbiology . ‘Mijn werk ligt daar in het verlengde van mijn promotie-onderzoek. Ik wil onder andere beter begrijpen hoe de clusters met interessante genen zijn samengesteld. De hoop is dat we dan uiteindelijk zelf doelgericht van dit soort clusters kunnen ontwerpen, zodat we de bacterie een door ons bedacht antibioticum kunnen laten maken.’ Hij heeft zelf een Rubicon subsidie binnengehaald bij onderzoekfinancier NWO, om twee jaar in Bremen te kunnen werken.

Medema vindt het een eer de Young Investigator Award te ontvangen. Hij is de derde Groningse winnaar in de vijf jaar dat de prijs bestaat. Eerder gingen Lude Franke (de eerste winaar) en Yang Li (de tweede winnaar) hem voor. Waarom Groningen zo succesvol is durft hij niet te zeggen. ‘Maar er zitten hier hele goede mensen in een dynamische omgeving. De prijs is zeker ook een erkenning voor de hele afdeling Bioinformatica.’

Zie ook de aflevering van Unifocus over het onderzoek van Marnix Medema