Promotie A. Amina Ali

Nieuw systeem voor eiwithervouwing voor onderzoek eiwit-eiwitinteracties

Amina Ali heeft met succes stabiele en correct hervouwde eiwitten geproduceerd als een benadering voor structurele en biofysische studies. Studies naar geneesmiddeldoelwiten hebben de belangrijke rol van eiwit-eiwitinteracties (EEI) in menselijke ziekteprocessen aangetoond, dit maakt ze zeer interessante doelen voor modulatie met remmers. Deze middelen worden in het algemeen geclassificeerd als ofwel kleine moleculen of biologische middelen; waarbij elke klasse verschillende farmacologische eigenschappen en beperkingen heeft. Onlangs is een nieuwe klasse opgedoken om intracellulaire PPI's te targeten die niet op andere wijze te behandelen zijn, namelijk peptiden. ‘All-hydrocarbon stapled peptides’ behouden een uitstekend herkenningsoppervlak voor het doelwit met minimale toxiciteit en overwinnen de beperkingen van natieve peptiden. Dit werd toegepast in ons EEI-onderzoekstarget: p53-MDM2, om nieuwe strategieën voor de behandeling van kanker te ontwikkelen. Naast de introductie van de MCR-techniek (Multicomponent Reaction) als een krachtige methode bij ‘staple’ synthese, zijn we de eersten die de Microscale Thermoforese (MST) -techniek toepassen om ‘stapled’ peptidenbindingsaffiniteiten ten opzichte van MDM2 te onderzoeken. Onze studie genereerde drie nieuwe co-kristalstructuren van ‘stapled’ peptiden in complex met mutant MDM2 om hun bindwijze te onthullen. Bovendien hebben we de structuur van het Pex4p:Pex22p complex, een nieuwe EEI van de gist Hansenula polymorpha, opgelost om de rol van de EEI bij peroxisomale recycling te verduidelijken.EEI’s werken op basis van interacties op specifieke oppervlakte en topologie, en onderzoek hiernaar met biofysische technieken vereist de productie van zuiver doeleiwit. Daarom hebben we ook een systeem voor eiwithervouwing op basis van buffers ontwikkeld om de juiste hervouwingsomstandigheden op een kosteneffectieve, betrouwbare en tijdbesparende manier te bepalen met behulp van differentiële scanning-fluorimetrie (DSF).