Membrane orientation of small multidrug resistance proteins
Promotie: mw. M.A. Kolbusz, 11.00 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen
Proefschrift: Membrane orientation of small multidrug resistance proteins
Promotor(s): prof.dr. D.J. Slotboom, prof.dr. A.J.M. Driessen
Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen
Oriëntatie eiwitten van de Small Multidrug Resistance familie in het membraan
Het proefschrift van Mariska Kolbusz beschrijft de oriëntatie van eiwitten van de Small Multidrug Resistance (SMR) familie in het membraan en de correlatie tussen oriëntatie en de verdeling van positief geladen aminozuur residuen over de intra- en extracellulaire loops van de eiwitten.
De ‘positive-inside’ regel stelt dat de meeste positief geladen residuen zich aan de cytoplasmatische kant bevinden en dat dit de oriëntatie bepaalt. De SMR-familie bevat twee typen eiwitten: ‘singles’ en ‘pairs’, die respectievelijk gecodeerd worden door een enkel gen of door een paar genen. Het EmrE-eiwit, een ‘single’, inserteert in het membraan in beide oriëntaties (zogenaamde ‘dual topology’). Om te bestuderen hoe representatief EmrE is voor de SMR eiwitten, bepaalde Kolbusz de oriëntatie van negen ‘singles’ en negen ‘pairs’ uit deze familie. Alle ‘singles’ inserteerden zoals EmrE met ‘dualtopology’. De analyse van de verdeling van de positief geladen residuen over de loops gaf aan dat er een goede correlatie met de oriëtatie was, maar er waren ook uitzonderingen. De twee eiwitten van de ‘pairs’ inserteerden weliswaar met een vaste oriëntatie, maar die was omgekeerd dan voorspeld door de positieve ladingsverdeling. Een gedetailleerde analyse van de rol van positief geladen residuen op de oriëntatie liet zien dat verschillende residuen de orientatie met verschillende sterkten beïnvloeden en dat andere, onbekende factoren de oriëntatie mede bepalen.
Een genoom-analyse van negenentwintig Escherichia coli stammen toonde aan dat in tien stammen een langere versie van EmrE aanwezig is. De langere versie bevat vijf membraanspannende segmenten in plaats van vier en inserteert in één oriëntatie in het membraan in tegenstelling tot de normale versie. De functie van de lange versie is onbekend en moet verder onderzocht worden.
Magdalena Anna Kolbusz (Polen, 1983) studeerde biologie aan de universitait van Wroclaw. Haar promotieonderzoek deed zij aan de RUG, bij de afdelingen Molecular Microbiology en Enzymology, die deel uitmaken van het Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB).
Laatst gewijzigd: | 13 maart 2020 01:02 |
Meer nieuws
-
13 november 2024
Kunnen we op deze planeet leven zonder hem te vernietigen?
Hoeveel land, water of andere hulpbronnen kost onze levensstijl precies? En hoe kunnen we dit aanpassen, zodat we binnen de grenzen blijven van wat de aarde ons kan geven?
-
13 november 2024
Emergentie-onderzoek in de kosmologie ontvangt NWA-ORC-subsidie
Emergentie in de kosmologie - Het doel van het onderzoek is oa te begrijpen hoe ruimte, tijd, zwaartekracht en het universum uit bijna niets lijken te ontstaan. Meer informatie hierover in het nieuwsbericht.
-
08 november 2024
NWO-ORC toekenningen voor FSE onderzoekers vanuit Nationale Wetenschapsagenda
Onderzoekers van de Faculty of Science and Engineering hebben twee grote NWO subsidies toegekend gekregen voor wereldwijd biodiversiteitsherstel en onderzoek naar het ontstaan van leven.