Bioinformatics to improve shotgun proteomics analyses. Towards an efficient Maldi-MS pipeline

Promotie: dhr. T.P. Gandhi, 13.15 uur, Doopsgezinde Kerk, Oude Boteringestraat 33, Groningen

Proefschrift: Bioinformatics to improve shotgun proteomics analyses. Towards an efficient Maldi-MS pipeline

Promotor(s): prof.dr. B. Poolman, prof.dr. R. Breitling

Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen

 

Methode voor analyse van eiwitten in complexe monsters verbeterd

Eiwitten spelen een uitermate belangrijke rol in alle levende organismen: ze zijn de werkpaarden van de cel. Tejas Gandhi deed onderzoek naar de verbetering van een LC-MALDI gebaseerd proteomics werkschema, waarbij hij zich richtte op het verbeteren van specifieke componenten. Zijn onderzoek heeft geresulteerd in verschillende nieuwe algoritmes en softwarematige oplossingen.

Gandhi richtte zich in zijn promotieonderzoek op proteomics, de uitgebreide kwantitatieve studie van eiwitexpressie en de fluctuaties daarin onder invloed van biologische veranderingen.

Het doel van een typisch proteomics-experiment is om de eiwitten van een organisme te vergelijken die onder verschillende omstandigheden (zoals bijvoorbeeld temperatuur, een mutatie, beschikbaarheid van voedingsstoffen, ziek ten opzichte van gezond) tot expressie komen.

Het idee is om het biologische systeem te begrijpen aan de hand van de verschillen tussen twee of meerdere staten. In het geval van proteomics gaat het daarbij om de aanwezigheid, de (kwalitatieve) staat en de hoeveelheden van eiwitten. Voordat een grondige kwantitatieve analyse van de verschillen kan worden gedaan, is het noodzakelijk dat alle onbekende eiwitten die aanwezig zijn in een biologisch sample worden geïdentificeerd.

Shotgun proteomics vormt daarbij een essentiële tool in high-throughput analyse van eiwitten in complexe biologische samples. Precieze identificatie van peptides afkomstig van LC-analyse gekoppeld aan tandem massa-spectrometrie vormt de basis van dergelijke analyses. Gandhi deed onderzoek naar de verbetering van een LC-MALDI gebaseerd proteomics werkschema. Hij richtte zich daarbij op het verbeteren van specifieke componenten. Zijn promotieonderzoek heeft geresulteerd in verschillende nieuwe algoritmes en softwarematige oplossingen.

Tejas Gandhi (India, 1979) studeerde Bioinformatics aan de Chalmers University of Technology en deed zijn promotieonderzoek aan het Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnologie Instituut van de faculteit Wiskunde en Natuurwetenschappen.