Protein structure and dynamics by NMR: synergy between biochemistry and pulse sequence design

Promotie: dhr. R. Otten, 11.00 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Proefschrift: Protein structure and dynamics by NMR: synergy between biochemistry and pulse sequence design

Promotor(s): prof.dr. B. Poolman

Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen

 

Nieuwe NMR-methoden voor eiwit-onderzoek

Eiwitten zijn de moleculaire machientjes in een cel, die betrokken zijn bij vrijwel alle belangrijke (chemische) processen. Om de werking van een eiwit te begrijpen is naast het ontrafelen van de driedimensionale structuur ook het bestuderen van de bewegelijkheid van zo’n molecuul van groot belang.

Het onderzoek dat wordt beschreven in het proefschrift van Renee Otten richt zich op de ontwikkeling van kernspinresonantie (nuclear magnetic resonance, NMR) methoden om de structuur en dynamica van eiwitten te onderzoeken. Daarbij wordt gebruik gemaakt van de combinatie van biochemische labeling methoden en nieuwe NMR experimenten.

Onderzoek heeft uitgewezen dat aminozuren met een methylgroep in de zijketen interessant zijn omdat deze groepen belangrijke informatie bevatten over de structuur en dynamica van eiwitten. Otten laat zien dat de beschreven methodiek geschikt is voor het bestuderen van de structuur en dynamica van grotere eiwitten (tot ~40 kDa). Daarnaast demonstreert hij de kracht van NMR spectroscopie bij het karakteriseren van (intrinsiek) ontvouwen, maar functionele eiwitten. Deze groep van eiwitten is lastig te bestuderen vanwege hun grote flexibiliteit, maar NMR is hiervoor verreweg de meest geschikte techniek. Een nieuw experiment wordt beschreven voor het meten van koppelingsconstanten, die belangrijke informatie verschaffen over de lokale structuur van het eiwit. Dit proefschrift laat zien dat de synergie zien tussen biochemie en de ontwikkeling van experimenten van essentieel belang is voor de verdere ontwikkeling van NMR spectroscopie.

Renee Otten (Heerenveen, 1980) studeerde scheikunde in Groningen. Het onderzoek werd uitgevoerd bij vakgroep Moleculaire Dynamica. Otten gaat verder met onderzoek als postdoc aan de Brandeis University in Boston, VS.