Nieuwe methode maakt grotere studies naar ontstaan kanker mogelijk

Kanker ontstaat door mutaties in het DNA. Maar om die mutaties op te kunnen sporen is het nodig om het DNA te onderzoeken van heel veel kankerpatiënten. Onderzoekers van het Universitair Medisch Centrum Groningen (UMCG) hebben een nieuwe methode ontwikkeld om dit te kunnen doen. Zij hebben daarmee de gegevens kunnen analyseren van ruim 16.000 kankerpatiënten. Daarmee is dit nu wereldwijd één van de grootste oncologische studie ooit. Zij publiceren hierover vandaag in het gezaghebbende tijdschrift Nature Genetics.

Duizenden laboratoria in de wereld hebben de afgelopen vijftien jaar de gen-expressie (oftewel het RNA-profiel) van tumoren bestudeerd, omdat het onderzoeken van het DNA van veel mensen erg kostbaar is. De UMCG-onderzoekers ontdekten dat het mogelijk is om de data van gen-expressie op een speciale wijze opnieuw te analyseren. Daardoor kunnen deze RNA-profielen gebruikt worden om afwijkingen in het DNA op te sporen. Dit opent de mogelijkheid voor andere nieuwe studies naar het ontstaan van kanker met enorm grote hoeveelheid DNA-gegevens.

Hergebruik statistische gegevens

De nieuwe methode is ontwikkeld door een onderzoeksteam onder leiding van geneticus prof. dr. Lude Franke: “Het systematisch analyseren van het DNA van 16.000 tumoren is erg duur. Echter, in de afgelopen vijftien jaar is wel heel veel naar gen-expressie gekeken en deze metingen zijn openbaar beschikbaar. Wij hebben een nieuwe statistische methode ontwikkeld waardoor we die gegevens konden hergebruiken. Van ruim 16.000 tumoren hebben we zodoende kunnen bepalen welke veranderingen in het DNA voorkomen. We zagen dat bepaalde afwijkingen in het DNA erg vaak voorkomen, terwijl andere afwijkingen alleen bij specifieke tumoren, zoals borstkanker, voorkomen. ”

Nieuwe potentiële therapeutisch aangrijpingspunten

Medisch-oncoloog dr. Rudolf Fehrmann geeft aan dat deze methode het mogelijk maakt om door een nieuwe bril te kijken naar gen-expressieprofielen van de afgelopen vijftien jaar. “Het heeft ons nu in staat gesteld om bijvoorbeeld voor een moeilijk te behandelen groep van kankers (namelijk die met vele fouten in het DNA) nieuwe potentiële therapeutisch aangrijpingspunten te vinden. Deze worden op dit moment verder onderzocht met experimenten in het laboratorium.”

Naar deNature Genetics-publicatie: Gene expression analysis identifies global gene dosage sensitivity in cancer

Bron: persbericht UMCG/RUG