Promotie dhr. A. Jankevics: Extreme metabolomics. Developing a high-performance computational pipeline for high-resolution LC-MS data sets

Promotie: dhr. A. Jankevics, 12.45 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Proefschrift: Extreme metabolomics. Developing a high-performance computational pipeline for high-resolution LC-MS data sets

Promotor(s): prof.dr. R. Breitling, prof.dr. R.C. Jansen

Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen

Biologen en chemici werken beter samen met nieuwe intuïtieve software

Metabolomics stelt zich ten doel om biologie te bestuderen door een volledige karakterisering van metabolieten: het gelijktijdig meten van zoveel mogelijk stoffen van laag moleculair gewicht in een biologisch monster. De favoriete techniek voor dit type profilering is vloeistofchromatografie gekoppeld aan massaspectrometrie (LC–MS). Het doel van het onderzoek van Andris Jankevics was om open-source software te ontwikkelen voor de analyse van data die gegenereerd worden door LC–MS-metabolomics.

Een uiterst modulair ontwerp van de software stelde ons in staat om niet alleen de analytische componenten nauwkeurig af te stemmen op elk specifiek experimenteel ontwerp, maar ook om op een intuïtieve manier de tussenliggende analyseresultaten te kunnen delen met de biologen en analytisch chemici die aan een project werken.

Deze nieuwe aanpak maakt het mogelijk dat onderzoekers met verschillende achtergronden goed met elkaar kunnen communiceren over de data. Het heeft ertoe geleid dat bottlenecks in het ontwerp van experimenten, in de bioanalytische methodologie en in de data-analyse snel gelokaliseerd kunnen worden.

Andris Jankevics (Letland, 1981) studeerde wiskunde aan de University of Manchester. Het onderzoek werd uitgevoerd bij het Groningen Bioinformatics Centre van de RUG en bij het Institute of Molecular, Cel land Systems Biology van de University of Glasgow. Het werd gefinancierd met een NWO-Vidi beurs. Jankevics gaat door als postdoc bij de University of Manchester.