Trans reentrant loop structures in secondary transporters
Promotie: dhr. A.J. Dobrowolski, 12.45 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen
Proefschrift: Trans reentrant loop structures in secondary transporters
Promotor(s): prof.dr. A.J.M. Driessen
Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen
Structurele overeenkomst tussen families van transporteiwitten onderzocht
Biologische membranen hebben een belangrijke rol in het beschermen van de cel tegen schadelijke condities van de omgeving en moeten tegelijkertijd de opname van verschillende stoffen, zoals voedingstoffen, alsook de uitscheiding van afvalproducten mogelijk maken. Transportfuncties worden uitgevoerd door transporteiwitten, die de verplaatsing van een substraat van de ene naar de andere kant van het membraan katalyseren.
Promovendus Adam Dobrowolski richt zich op de structurele overeenkomst tussen families van transporteiwitten, en in het bijzonder tussen de glutamaat-transporter GltS van Escherichia coli en de citraat-transporter CitS van Klebsiella pneumoniae. Deze twee transporteiwitten, en andere leden van de families waartoe zij behoren, vertonen geen overeenkomst in aminozuurvolgorde, maar wel in hun hydropathie-profielen. Dit suggereert dat ze een overeenkomstige eiwitvouwing en mechanisme van transport hebben. Met de bioinformatische data verkregen uit het MemGen classificatie systeem en een eerder uitgevoerde topologie studie van CitS, was Dobrowolski in staat om de membraantopologie van GltS te voorspellen en deze experimenteel te verifiëren. Hiermee toont hij aan dat, bij afwezigheid van een kristalstructuur, analyse van hydropathie-profielen van membraaneiwitten een goede methode is om de structuur van membraaneiwitten te bestuderen.
De verkregen data suggereren dat beide eiwitten opgebouwd zijn uit twee homologe domeinen die beide een zogenaamde ‘trans reentrant loop’ hebben, en aan elkaar verbonden zijn met een lange cytoplasmatische loop. De reentrant loops zijn belangrijk voor de activiteit van de transporters: ze staan in interactie met elkaar daar waar de twee domeinen aan elkaar grenzen en vormen een translocatiekanaal voor de substraten en co-ionen.
Adam Dobrowolski (Polen, 1980) studeerde biologie in Wroclaw, Polen en deed zijn promotieonderzoek bij de afdeling Moleculaire Microbiologie, Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB) van de RUG. Het werd gefinancierd door NWO-ALW. Inmiddels is hij onderzoeker bij de Wrocław University of Environmental and Life Sciences in Polen.
Laatst gewijzigd: | 13 maart 2020 00:58 |
Meer nieuws
-
15 april 2025
1,5 miljoen subsidie van Provincie Groningen voor innovatieve technologie in de regio
De Rijksuniversiteit Groningen ontvangt bijna 1,5 miljoen euro subsidie van de Provincie Groningen om ondernemende academische onderzoekers te begeleiden bij het ontwikkelen van innovatieve ideeën tot een startup.
-
15 april 2025
Nathalie Katsonis wint Ammodo Science Award 2025
Voor haar baanbrekende onderzoek naar moleculaire systemen ontvangt Nathalie Katsonis de Ammodo Science Award for fundamental research 2025.
-
15 april 2025
Fundamenteel onderzoek met levensgrote effecten
Nathalie Katsonis wint de Ammodo Science Award for Fundamental Research. Ze ontwikkelt adaptieve moleculaire materialen en onderzoekt de chemische oorsprong van leven, wat ook weer inzichten oplevert voor vaccins en het opruimen van olievlekken op...