Trans reentrant loop structures in secondary transporters
Promotie: dhr. A.J. Dobrowolski, 12.45 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen
Proefschrift: Trans reentrant loop structures in secondary transporters
Promotor(s): prof.dr. A.J.M. Driessen
Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen
Structurele overeenkomst tussen families van transporteiwitten onderzocht
Biologische membranen hebben een belangrijke rol in het beschermen van de cel tegen schadelijke condities van de omgeving en moeten tegelijkertijd de opname van verschillende stoffen, zoals voedingstoffen, alsook de uitscheiding van afvalproducten mogelijk maken. Transportfuncties worden uitgevoerd door transporteiwitten, die de verplaatsing van een substraat van de ene naar de andere kant van het membraan katalyseren.
Promovendus Adam Dobrowolski richt zich op de structurele overeenkomst tussen families van transporteiwitten, en in het bijzonder tussen de glutamaat-transporter GltS van Escherichia coli en de citraat-transporter CitS van Klebsiella pneumoniae. Deze twee transporteiwitten, en andere leden van de families waartoe zij behoren, vertonen geen overeenkomst in aminozuurvolgorde, maar wel in hun hydropathie-profielen. Dit suggereert dat ze een overeenkomstige eiwitvouwing en mechanisme van transport hebben. Met de bioinformatische data verkregen uit het MemGen classificatie systeem en een eerder uitgevoerde topologie studie van CitS, was Dobrowolski in staat om de membraantopologie van GltS te voorspellen en deze experimenteel te verifiëren. Hiermee toont hij aan dat, bij afwezigheid van een kristalstructuur, analyse van hydropathie-profielen van membraaneiwitten een goede methode is om de structuur van membraaneiwitten te bestuderen.
De verkregen data suggereren dat beide eiwitten opgebouwd zijn uit twee homologe domeinen die beide een zogenaamde ‘trans reentrant loop’ hebben, en aan elkaar verbonden zijn met een lange cytoplasmatische loop. De reentrant loops zijn belangrijk voor de activiteit van de transporters: ze staan in interactie met elkaar daar waar de twee domeinen aan elkaar grenzen en vormen een translocatiekanaal voor de substraten en co-ionen.
Adam Dobrowolski (Polen, 1980) studeerde biologie in Wroclaw, Polen en deed zijn promotieonderzoek bij de afdeling Moleculaire Microbiologie, Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB) van de RUG. Het werd gefinancierd door NWO-ALW. Inmiddels is hij onderzoeker bij de Wrocław University of Environmental and Life Sciences in Polen.
Laatst gewijzigd: | 13 maart 2020 00:58 |
Meer nieuws
-
28 maart 2025
Micro-organismen tegen klimaatverandering
Micro-organismen kunnen oplossingen bieden die ons kunnen helpen om klimaatverandering tegen te gaan, zeggen RUG-wetenschappers. Dit blijkt ook uit een internationaal rapport.
-
25 maart 2025
Wat is er nodig om het Waddengebied te herstellen?
De Waddenzee heeft altijd al een belangrijke functie gehad voor vissen, vogels en bodemleven: het is een kraamkamer, tankstation en rustplaats. Maar het gaat niet goed met de Waddenzee. Vandaag presenteren onderzoekers van de Rijksuniversiteit...
-
24 maart 2025
Een scherpere blik op de geboorte van het universum
Wetenschappers van de Faculty of Science and Engineering van de RUG zullen met behulp van de nieuwe telescoop van het Simons Observatory op zoek gaan naar nieuwe natuurkunde.