Improving quantification and identification in metabolomics

Verbetering van kwantificering en identificatie in metabolomics

Onder de moleculaire basis van het leven wordt de biochemische basis verstaan waarop leven gebouwd is. Deze omvat de informatiestromen van DNA naar RNA en eiwit. Het onderzoek naar deze moleculaire lagen heeft bijgedragen aan de snelle opkomst van genomics-, transcriptomics- en proteomics-profileringstechnologieën. Eiwitten die aan het einde van deze keten staan vervullen vele structurele functies, zoals celsignaleringsfuncties en het katalyseren van chemische reacties in biochemische routes die resulteren in de vorming van metabolieten. Metabolieten zijn tussenproducten of eindproducten van metabole reacties die nodig zijn voor het onderhoud, de groei en de normale functie van een cel.

In zijn proefschrift bespreekt Feng nieuwe methoden voor de identificatie en kwantificering van data verkregen uit metabolomics. Voor het verkrijgen van deze data gebruikte hij diverse geavanceerde analysetechnieken zoals chromatografie in combinatie met massaspectrometrie.

Feng past de dynamische massafouttheorie toe om de identificatie en kwantificering van metabolieten te verbeteren. Het doel van dit project is de ontwikkeling en implementatie van het dynamische binning-algoritme dat rekening houdt met de techniekafhankelijke exacte massapiekbreedte in massaspectra. Deze nieuwe techniek presteerde in diverse experimenten beter dan de oorspronkelijk beschikbare kwantificeringsalgoritmen.

CV Xiaodong Feng

Xiaodong Feng (1988) studeerde Bioinformatica aan de Chongqing Universiteit Post en Telecommunicatie, China. Daarna was hij werkzaam als PhD-student bij de Rijksuniversiteit Groningen. Zijn promotieonderzoek vond plaats bij de afdeling Laboratoriumgeneeskunde van het Universitair Medisch Centrum Groningen. De titel van zijn proefschrift luidt: Improving quantification and identification in metabolomics.

Proefschrift: https://hdl.handle.net/11370/a66df530-d039-4f3a-825c-7a552a652ca7