Gene expression studies from basic research to the clinic
| Promotie: | Dhr. J.M. (Juha) Karjalainen |
| Wanneer: | 15 januari 2018 |
| Aanvang: | 16:15 |
| Promotors: | prof. dr. C. (Cisca) Wijmenga, prof. dr. L.H. (Lude) Franke |
| Waar: | Academiegebouw RUG |
| Faculteit: | Medische Wetenschappen / UMCG |
Genexpressie: van fundamenteel onderzoek naar de kliniek
Humane genetica is een spannend en multidisciplinair vakgebied. De focus van onderzoek binnen de humane genetica ligt op erfelijke ziekten, en het doel van het onderzoek is het verlichten van lijden door het behandelen en voorkomen van diverse ziekten.
Het grootste project in de biologie tot dusver, het Humane Genoomproject (the Human Genome Project), is in 2003 afgerond en onthulde voor het eerst de hele DNA-sequentie van het menselijke genoom. Sindsdien zijn de kosten van en tijd die nodig is voor sequencing en genotypering van menselijke genen drastisch gedaald. Dit maakt grote studies van honderden duizenden individuen, en in de nabije toekomst, van miljoenen individuen, mogelijk.
Als gevolg van deze grootschalige genetische studies, realiseren we ons voor het eerst hoe complex de genetica van de mens eigenlijk is. Honderden genetische varianten blijken in genoomwijde associatiestudies met een specifiek fenotype of ziekte geassocieerd. Deze varianten verklaren echter meestal slechts een klein deel van de erfelijkheid van dit fenotype. Bovendien zijn de mechanismen waarmee deze varianten tot ziekte leiden meestal nog steeds onbekend.
DNA is een prachtig en veelzijdig molecuul, het bevat informatie waarmee het repliceert en waarmee het organisme zich in zijn omgeving kan ontwikkelen. In cellen worden delen van het DNA (de genen) overgeschreven naar RNA. Sommige RNA-moleculen (van voor eiwit coderende genen) worden verder omgezet naar eiwitten (translatie). Andere RNA-moleculen spelen uiteenlopende rollen, zoals bijvoorbeeld het reguleren van de transcriptie van andere genen.
RNA transcriptie (ook wel genexpressie genoemd) is de eerste stap in het process van DNA naar fenotype. Daarom kan het bestuderen van kwantiteit aan RNA in monsters uit verschillende weefsels ons helpen bij het begrijpen van cellulaire fenomenen die tot ziekte leiden.
In dit proefschrift heb ik grote hoeveelheden publiek beschikbare genexpressiegegevens gebruikt om de functies van genen te voorspellen en genen en de gen-specifieke netwerken (in het Engels: pathways) te prioriteren die relevant kunnen zijn voor verschillende fenotypen en ziekten.