Inflammatory bowel disease: pathogenesis and prediction

Inflammatoire darmziekte: pathogenese en voorspelling

De inflammatoire darmziekten (IBD) colitis ulcerosa (UC) en de ziekte van Crohn (CD) zijn chronische ontstekingsziekten van het maagdarmstelsel.

In dit proefschrift van Amber Bangma is de pathogenese van IBD en manieren op medicatie-reacties te voorspellen onderzocht. In hoofdstuk twee vergeleken we RNA-expressie in de dikke darm van patiënten met IBD met patiënten met IBD en primaire scleroserende cholangitis (PSC), een zeldzame ernstige galwegziekte die vaak gepaard gaat met IBD. Er is activatie van verschillende celtypen en reactiepaden tussen de twee groepen gevonden. Ook vonden we een nieuw type epitheelcellen, DUOX2+ epitheelcellen, dat voornamelijk aanwezig is in de ontstoken darm (van zowel IBD als PSC-IBD patiënten) en mogelijk immunologische functies heeft.

In hoofdstuk drie onderzochten we IBD-risicoscores op verschillende domeinen (genetica, microbioom, omgeving en dieet). We vonden significant hogere genetische en microbiële risicoscores in patiënten met IBD en lieten zien dat gecombineerd in één risicoscore deze zouden kunnen helpen bij het vroeg diagnosticeren van IBD.

 In deel twee van dit proefschrift onderzochten we hoe genetische varianten reactie op medicatie voor IBD kunnen voorspellen (i.e. farmacogenetica). We beschreven goed-gevestigde farmacogenetische associaties, repliceerden eerder geïdentificeerde polygenetische risicoscores voor reactie op TNFalfa-antagonisten niet, en onderzochten een farmacogenetisch paspoort dat test op goed-gevestigde farmcogenetische associaties. We vonden dat het bepalen van een farmacogenetisch paspoort en adequaat behandelen van slechts 24 patiënten genoeg kan zijn om één bijwerking te voorkomen. In het laatste hoofdstuk van dit proefschrift onderzochten we de expressie van COVID-19 relevante genen in de darm van IBD-patiënten en vonden significante verbanden tussen de expressie van deze genen en zowel ontsteking als IBD-medicatie.

Proefschrift: https://hdl.handle.net/11370/873174eb-2989-41a5-9033-0ae9607506e2