Towards expanding the capabilities of structural biology with the molecular dynamics (MD) simulations

Moleculaire dynamica simulaties voor een gedetailleerde karakterisering experimenteel verkregen eiwitstructuren

Mariia Nemchinova geeft in haar proefschrift een overzicht van de belangrijkste kenmerken van membraaneiwitten, met speciale nadruk op recente toepassingen van computationele methoden voor hun karakterisering.

Nemchinova: 'De laatste jaren is er aanzienlijke vooruitgang geboekt in de structurele biologie, wat heeft geleid tot een merkbare toename van experimenteel verkregen eiwitstructuren (voornamelijk door kristallografie en cryo-elektronenmicroscopie (cryo-EM)), evenals geavanceerde voorspellingspijplijnen voor eiwitstructuren (zoals AlphaFold). Ondanks deze vooruitgang onthullen de meeste opgeloste en gemodelleerde eiwitstructuren niet de inherente dynamiek van deze eiwitten. Computersimulaties daarentegen, en met name Moleculaire dynamica (MD) simulaties, maken het mogelijk om het domein van dynamiek te ontsluiten, wat het onmisbaar maakt voor een gedetailleerde karakterisering van deze cruciale biologische systemen. In dit proefschrift geef ik een overzicht van de belangrijkste kenmerken van membraaneiwitten, met speciale nadruk op recente toepassingen van computationele methoden voor hun karakterisering. Daarnaast heeft dit proefschrift als doel te laten zien hoe het gecombineerde gebruik van verschillende modelleringstechnieken die een scala aan lengte- en tijdschalen bestrijken, in staat is om licht te werpen op de functionaliteit van verschillende transmembraaneiwitten.'

Proefschrift: https://hdl.handle.net/11370/f509ae50-e3ed-499a-824f-725a0a58a4ca